Con el inicio del proceso de descentralización, Prisma ONG identifica la urgente necesidad de generar y fortalecer capacidades locales y regionales para asegurar una gestión eficiente, eficaz y transparente por parte de las autoridades gubernamentales y sectoriales. Para ello, se inician coordinaciones con MIMDES, PCM y otras organizaciones que trabajan en gestión, se realizan estudios diagnósticos y luego se desarrollan modelos de programas de formación ad hoc. Desde su creación en Prisma ONG, esta área temática está enfocada en la gestión de programas sociales con criterios de equidad e inclusión, campo en el cual ha venido realizando diversas intervenciones y juega un rol decisivo en apoyo al fortalecimiento de la gobernabilidad y transparencia.